Podíl vodní dopravy na přepravě zboží zůstává dlouhodobě nízký a k postupnému převodu části přepravy ze silnic na vodní cesty nedochází - od roku 2010 se pomocí vodní dopravy přepraví ročně přibližně jen jedno procento z veškerého přepraveného zboží. Hlavní příčinou je nespolehlivost labsko-vltavské vodní cesty. Důvodem jsou především přetrvávající problémy se splavností v úseku Ústí nad Labem - státní hranice. Řešením má být podle MD vybudování plavebního stupně v Děčíně. V názorech na jeho výstavbu ale přetrvávají zásadní rozpory mezi MD a Ministerstvem životního prostředí. ŘVC na jeho přípravu dosud vynaložilo 625 milionů korun.

Podobně je to i s plavebním stupněm "Přelouč II". Ten je připravován od roku 1994 a přípravy provázejí opakované soudní spory mezi ekologickými organizacemi a státem. ŘVC za jeho přípravu dosud zaplatilo 302 milionů korun.

Pokud nebude zajištěna spolehlivost labsko-vltavské vodní cesty a nebudou vyřešeny všechny problémy, hrozí, že investice do nákladní vodní dopravy nebudou mít pozitivní dopad. Příkladem jedné z takových investic je modernizace veřejného přístavu v Ústí nad Labem za více než 100 milionů korun. Díky ní se měla navýšit přeprava zboží o 1 944 kontejnerů ročně a množství převezených sypkých materiálů o 1 900 tun. Ve skutečnosti ale přeprava sypkých materiálů klesla, překládka kontejnerů nezačala vůbec.

Kontroloři se zaměřili i na projekt vybudování koridoru Dunaj-Odra-Labe. Na konci roku 2018 nechalo MD zpracovat první studii, která se komplexně zabývá technickou i ekonomickou proveditelností koridoru. Z té vyplývá, že výstavba plné varianty propojující všechny tři řeky je riziková - projekt by přestal být ekonomicky efektivní ve chvíli, kdy by investiční náklady stouply jen zhruba o tři procenta, případně pokud by poptávka po přepravě klesla o necelých pět procent. Celkové náklady mají dosáhnout 641 miliard korun, provozní náklady by pak byly zhruba 540 milionů korun ročně. V případě omezené varianty propojující Dunaj s Odrou by výstavba vyšla přibližně na 311 miliard korun, roční provoz pak zhruba na 350 milionů korun. Oproti plné variantě má být podstatně méně ekonomicky riziková.

Zásadní podmínkou pro pokračování příprav budování koridoru je právně závazná shoda všech zúčastněných států, kterých se projekt týká. Taková shoda však zatím chybí. Bez ní hrozí, že peníze budou vynakládány neúčelně.

V neposlední řadě kontroloři prověřili peníze určené na modernizace nákladních plavidel. MD v letech 2008 až 2015 rozdělilo na zlepšení jejich stavu více než 53 milionů korun. Podporu příjemci dostávali, přestože MD předem nevyhodnotilo budoucí využití a přínos jejich plavidel pro Českou republiku. Podporu tak získal například žadatel, který uvedl, že díky modernizaci naroste ročně objem jím přepraveného zboží zhruba o půl procenta. Jiné z modernizovaných plavidel bylo v roce 2016 celkem 215 dní mimo provoz a v roce 2017 pak dokonce 326 dní. Dopad takto použitých peněz na zvýšení využití plavidel byl v součtu mizivý.